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Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  51 lines
  1. **************************************************
  2. * pfkB family of carbohydrate kinases signatures *
  3. **************************************************
  4.  
  5. It   has  been  shown [1,2,3] that  the  following   carbohydrate  kinases are
  6. evolutionary  related  and  can  be  grouped  into  a  single family, which is
  7. known [1] as the 'pfkB family':
  8.  
  9.  - Fructokinase (EC 2.7.1.4) (gene scrK).
  10.  - 6-phosphofructokinase isozyme 2 (EC 2.7.1.11) (phosphofructokinase-2) (gene
  11.    pfkB). pfkB is a minor phosphofructokinase isozyme in Escherichia coli  and
  12.    is not evolutionary related to the major isozyme (gene pfkA).
  13.  - Ribokinase (EC 2.7.1.15) (gene rbsK).
  14.  - 1-phosphofructokinase   (EC 2.7.1.56)  (fructose 1-phosphate kinase)  (gene
  15.    fruK).
  16.  - Inosine-guanosine kinase (EC 2.7.1.73) (gene gsk).
  17.  - Tagatose-6-phosphate kinase (EC 2.7.1.-) (phosphotagatokinase) (gene lacC).
  18.  - Escherichia coli hypothetical protein yeiC.
  19.  - Escherichia coli hypothetical protein yeiI.
  20.  - Escherichia coli hypothetical protein yihV.
  21.  
  22. All the above kinases are proteins of from 310 to 430 amino acid residues that
  23. share a few region  of sequence similarity.   We  have selected  two of  these
  24. regions as signature patterns.  The  first  pattern  is based on a region rich
  25. in glycine which is located in the N-terminal  section of these enzymes; while
  26. the second pattern is based on a conserved region in the C-terminal section.
  27.  
  28. -Consensus pattern: [AG]-G-x(0,1)-[GP]-x-N-x-[STA]-x(6)-[GS]-x(9)-G
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  30.  for inosine-guanosine    kinase,    yeast   ribokinase,   Zymomonas   mobilis
  31.  fructokinase and Escherichia coli yihV.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 6.
  33.  
  34. -Consensus pattern: [DNS]-[PSTV]-x-[SAG](2)-[GD]-D-x(3)-[AG](2)-[LIVMF]-
  35.                     [LIVMSTA]
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  37.  for Zymomonas mobilis fructokinase.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39.  
  40. -Expert(s) to contact by email: Reizer J.
  41.                                 jreizer@ucsd.edu
  42.  
  43. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  44.  
  45. [ 1] Wu L.-F., Reizer A., Reizer J., Cai B., Tomich J.M., Saier M.H. Jr.
  46.      J. Bacteriol. 173:3117-3127(1991).
  47. [ 2] Orchard L.M.D., Kornberg H.L.
  48.      Proc. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci. 242:87-90(1990).
  49. [ 3] Blatch G.L., Scholle R.R., Woods D.R.
  50.      Gene 95:17-23(1990).
  51.